1910年生于吉林省吉林市。
1920年考入吉林1920年考入吉林毓文中學(xué),中學(xué)畢業(yè)后開始隨父學(xué)醫(yī)。
1927年就讀于上海中國醫(yī)學(xué)院。
1929年提國民政府提出《取締中醫(yī)案》,高仲山等參與組織上海各大中醫(yī)院校團(tuán)體游行示威和中醫(yī)藥界大罷業(yè),并參加了1929年3月17日于上海召開的全國醫(yī)藥團(tuán)體代表大會(huì)。聯(lián)合各省中醫(yī)到南京請(qǐng)?jiān)福@勝。
1931年上海中國醫(yī)學(xué)院畢業(yè)。
1932年春,來到哈爾濱開業(yè)行醫(yī)。
1937年3月,高仲山聯(lián)絡(luò)哈市及周邊各縣中醫(yī)創(chuàng)立了“哈爾濱漢醫(yī)學(xué)研究會(huì)”,使哈爾濱中醫(yī)界從一盤散沙變成一個(gè)團(tuán)結(jié)的組織。高仲山被推舉為哈爾濱漢醫(yī)學(xué)研究會(huì)的會(huì)長,從此成為哈爾濱中醫(yī)界的帶頭人和領(lǐng)導(dǎo)者。在他的倡導(dǎo)和推動(dòng)下,漢醫(yī)學(xué)研究會(huì)舉辦漢醫(yī)講習(xí)所,主編《哈爾濱漢醫(yī)學(xué)研究會(huì)月刊》(后更名為《濱江省漢醫(yī)學(xué)月刊》)雜志,極大地促進(jìn)了哈爾濱市中醫(yī)學(xué)術(shù)交流和人才培養(yǎng)。以高仲山為核心的龍江醫(yī)界之學(xué)術(shù)思想在這里開始形成,并漸成體系,不斷深化,最終形成和發(fā)展壯大為龍江醫(yī)派。
1938年,高仲山提出編輯并刊行局方丸散膏酒標(biāo)準(zhǔn)配本,目的在于建立一個(gè)中藥的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。高仲山親自承擔(dān)此項(xiàng)工作,遍訪黑吉兩省大小藥店,收集或摘抄各家配本,同時(shí)購買和借閱幾百種中醫(yī)中藥古代典籍、醫(yī)史醫(yī)話,然后把每個(gè)配方的不同版本一一比較、對(duì)照、??保鶕?jù)藥性和臨床心得加以抉擇,或增或刪,最后確定最佳方案。經(jīng)過三年著成12萬字的《漢藥丸散膏酒標(biāo)準(zhǔn)配本》,其中收錄通用中藥局方500余種。此書問世后,受到中醫(yī)中藥界極大歡迎和重視,當(dāng)時(shí)東北三省的絕大多數(shù)藥廠都是按照這一具有行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)效能的《配本》進(jìn)行生產(chǎn)。時(shí)至今日,仍有很多中藥廠按其來生產(chǎn)某些傳統(tǒng)的中成藥。新中國成立后,這本書的部分章節(jié)被收進(jìn)《中華人民共和國藥典》。
1955年,接到周恩來總理親自簽發(fā)的任命書,被國務(wù)院任命為黑龍江省衛(wèi)生廳副廳長。高仲山在黑龍江省衛(wèi)生廳主持全省中醫(yī)工作期間,先后參與創(chuàng)辦了黑龍江中醫(yī)進(jìn)修學(xué)校、牡丹江衛(wèi)生學(xué)校、黑龍江省中醫(yī)學(xué)校、黑龍江省祖國醫(yī)藥研究所、黑龍江中醫(yī)學(xué)院等,堪稱是黑龍江中醫(yī)高等教育事業(yè)的開創(chuàng)者。
文革”開始后遭受迫害,下放到黑龍江省清河五七干校勞動(dòng)改造。粉碎“四人幫”以后,平反并恢復(fù)了工作的高仲山專任黑龍江中醫(yī)學(xué)院副院長、教授。
1978年恢復(fù)職稱評(píng)定后,高仲山成為黑龍江省歷史上首批中醫(yī)學(xué)教授。
1979年恢復(fù)研究生招生制度以后,以高仲山為首的傷寒專業(yè)獲得了全國首批碩士學(xué)位授予權(quán)。作為中醫(yī)內(nèi)科學(xué)教授,他是國家教育部首批頒布的碩士研究生導(dǎo)師之一。他所在的傷寒論教研室被首批批準(zhǔn)為重點(diǎn)學(xué)科和碩士學(xué)位授予資格單位。1979年后,雖已年過古稀,仍親自培養(yǎng)研究生。