侗族古代文化包括醫(yī)藥在內(nèi)，大部分是掌握在佼解庚佬和佼解賀佬（意為本寨受尊敬的人和本寨的頭領）及沖儺手中。他們有許多侗族古歌和巫祝詞語，其中有些是講述侗族醫(yī)藥的，侗醫(yī)的學術思想淵源于巫師及巫醫(yī)歌詞之中。

天、地、氣、水、人五位一體的思想，是侗醫(yī)學術思想的核心。侗歌“古悶冬庚系韭梭，得地長庚系冷垠”，“索冷拱暈庚畏病，庚對董梭轉變冷”，意為“天上生人是股氣，地下養(yǎng)人是水和土”，“氣多氣少人遭病，人死斷氣精化水”。侗醫(yī)和沖儺認為，天是看不見頂?shù)凝嬋淮笪铮枪蓺?，地是有形之物，即土和水；人是氣所生的，由土和水所養(yǎng)。這就是侗家的“天人，’和“地人”之說。在《人類起源》侗歌中的四個“奶奶”以及他們所生的松恩、松桑就是“天人”的代表；，洪水滔天，人煙絕跡；，十二兄妹只好婚配，便是“地人”的化身。人的起源與五位一體的思想，是侗族先民們通過長期觀察，對人的起源與自然界的關系產(chǎn)生的基本概念。

在生理功能方面，侗歌有“庚寥凡間呃瞑久，全靠枚索和枚冷”，意為“人的生存沒多久，依靠有氣和有水”，說明氣和水在維持人體功能活動方面的重要性。在臨床治療上，侗醫(yī)非常重視氣和水的作用，常常使用補氣、補水方法。在用藥上，凡是塊根及甜味藥物，都作補水、補血之用。侗醫(yī)對血和水的認識是同意詞，血和水在體內(nèi)是同一物，統(tǒng)稱“血水”。

在病理方面，侗歌“索冷拱暈庚畏病，庚對董梭轉變冷”，意為“氣多氣少人生病，人死斷氣精化水”。侗醫(yī)認為氣和水兩者失去平衡，人就要生?。粴夂退闪孔兊劫|變，是疾病的病理過程。

對致病因素的認識。侗歌“呃僂嘰構呃病，佟病都系逗亮，悶敦、漾冷、淋霖、抖侖，優(yōu)喉、瘟、蜥、猛、歷、娘、毒蕾、判妞、斗奈相害庚”，意為“誰吃糧會不生病，生病都是著涼、天熱、濕水、淋雨、受風、飽餓、發(fā)瘟、蛇、虎、蟲、草、鬼、山神這些降給人的”。這些認識雖然是從感性的形象思維出發(fā)，但其概念還是明確的。

侗醫(yī)認為飲食是維持生命的能量泉源，但是如果飲食過多，不加以節(jié)制，或者吃的過少，都將影響身體健康，甚至造成疾病。侗醫(yī)有“犯酒、犯肉、犯谷、犯氣”之說：酒性熱除寒，飲用適度可調人體血脈情志，如果用量過多可傷神傷志，“心神受擾，百病叢生”；肉類補血補體，食用過多反而傷血傷水；谷類養(yǎng)萬物，亦不可過飽，過飽傷身；氣：是生命的根本，不可“犯氣”，不犯氣指兩個方面：一是平時要保持“心平氣和”，為人善良，遇事不可性急；二是不可憂郁寡言，傷心傷神?！皻馀c神”是相互聯(lián)結的，傷一不可。

對于藥物的性味，侗醫(yī)認為“藥苦能退熱，藥澀能止瀉，藥香能清腫止痛，關節(jié)痛要用藥葉為生”。

侗藥有六性六味理論，給侗醫(yī)臨床用藥提供了理論基礎及用藥依據(jù)。用藥先要掌握六性六味，再根據(jù)疾病的臨床表現(xiàn)確定用藥。如冷病用熱藥，熱病用冷藥，用藥才能對癥，否則不但治不好病，甚至會出現(xiàn)不良后果。

六味為酸澀、苦、辣、香、淡、甜。六味是通過人的味覺識別出來的。

六性為熱、涼、收、散、退、補。六性是通過臨床用藥逐步體現(xiàn)出來的，其中有的可能是學習中藥的先進經(jīng)驗而產(chǎn)生的。

六味與六性具有藥物內(nèi)在的對應關系。味苦，性涼，退熱；味辣，性熱，除寒；味香，性散，消腫止痛；味淡，性退、性平，退水、退氣、止血；味甜，性補，補血、補氣；味酸澀，性收，提升、止瀉。

對于疾病的命名與分類，侗醫(yī)根據(jù)“五位一體”思想，把疾病分為冷病與熱病兩大類。五位中的天、地、氣、水和人都有冷和熱，人的疾病也不外乎冷病與熱病。

熱?。河置麩裏岵?。包括發(fā)燒、火毒、紅腫、癲狂、蟲、蛇、草所致的熱病，各種外傷，會“過人”（傳染）的疾病，以及大部分痧癥等。

冷?。喊ú∪俗杂X冷感或病程長，體質虛弱或不紅不腫的瘡皰等等。冷病又分水病、氣病、虛弱病。水?。荷眢w任何部位的浮腫，統(tǒng)稱水病，又叫水濕病。氣?。悍彩茄屎聿课坏牟“Y出現(xiàn)喘、出氣（呼吸）不勻，或勞動時感到氣不夠用，以及情緒不好，沉默寡言等稱“氣病”。如果是接觸有毒物質，如生漆、糞毒、毒蛇咬傷或誤食有毒菌類等，統(tǒng)稱毒氣病。

冷病與熱病具有較高的臨床實用價值。由于病因不同，病人體質各異，其發(fā)生、發(fā)展、轉歸等都有著不同的規(guī)律，在治療原則上就迥然不同、差異極大。如冷病用熱藥，熱病用冷藥，就不能違反這個規(guī)律。

侗醫(yī)關于疾病的命名，除受五位一體的學術思想影響，還根據(jù)疾病性質、病變部位，沿用取類比象進行命名。如男性血尿名婦男擺紅癥；男性淋濁名婦男擺白癥；男性體衰性功能低下；繼發(fā)性性功能不全稱婦男月家??；在病名前冠以“婦”字，說明這種病名的產(chǎn)生至遲是在母系時代。另外，有些病名是以患病部位或相似癥狀采用取類比象命名，如胸以上出血性疾病名曰“嚇謬?。ㄒ鉃橐半u癥，與野雞沿上坡的路行走時，其紅色羽毛由一點紅一片之意），漢語直譯為上路野雞癥；胸以下的出血性疾病，名曰嚇謬呂（下路野雞癥）；又如獨累侶類（產(chǎn)科胎兒腳先露，意為猴子癥·猴子下樹）。

侗醫(yī)的病證涉及廣泛，但侗醫(yī)并不分科，而是設有獨立的“大證”，在“大證”之下又分若干個小癥，侗醫(yī)的診療方法也是獨具特色的。